原子鎖是內壓式邊柱鎖，其鎖定原理是邊柱制栓在邊柱彈簧的作用下將邊柱制栓向鎖芯內彈珠的方向推，但由于彈珠缺口在沒有插入原裝鑰匙前不在一條直線上，邊柱制栓無法被彈簧的彈力推入缺口，這時鎖芯與外殼由邊柱制栓連為一體，從而鎖芯無法轉動。

原子鎖的彈珠每孔一粒，它四周有一個V字形的缺口，每一粒彈珠的V字形缺口所在的位置不同，就形成了鑰匙的齒形變化不同，只有當這些V字形的缺口在一條直線上時，邊柱被推入鎖芯，鎖芯才可轉動。因其邊柱制栓鋼片比較厚，發生彈性形變的可能性很小，所以用暴力強開工具強行扭動的可能性要小些。

原子鎖技術開啟以前常用波浪鉤、原野彎刀和套開鑰匙，現在一般用原子定位開鎖工具。其他如沒有反鎖時從貓眼開，若貓眼開不了，用拔鎖器把鎖頭拔出來，或用電鉆把鎖鉆壞。